A l'époque de 7000 danses, il se met à la guitare et propose Un Grand Carnaval.
Sur Le Baiser, il signe la musique de Alertez Managua et Persane Thème.
1990 est l'année de la naissance de sa fille, Lou. A partir du Birthday Tour en 1992, un changement important s'opère puisque Stéphane apparaît à la guitare rythmique sur scène. Après le départ de Dominique Nicolas en 1994, les frères Sirkis se retrouvent le dos au mur et Stéphane doit prendre en charge les futures compositions, même s'ils décident de s'entourer d'un musicien extérieur en renfort : Alexandre Azaria. L'album Wax sera donc un coup d'essai intéressant dans cette nouvelle configuration. Indochine repart sur de bon rails avec le succès de la tournée Wax Tour, où Stéphane apparait avec un tee-shirt "Fuck the system".